据统计，现医学院的社团数量有57个，平均每学期活动开展次数将近1000次，优质的社团活动让大家能在繁忙的学业之外找到放松的新天地。空手道协会参与的全国全接触空手道杭州狮魂全国大会的震撼，医家亲排球协会班级排球赛和体总杯的欢乐，兰陵剧社、相声协会和丝竹清韵民乐社的专场震撼，又或者是国标舞协会、Freshin’街舞社、Nana team的舞台表演的夺人眼球……愉悦的社团活动为交医学子打造了轻松的生活氛围。除了文体，医学院的社团也积极投身公益文化活动，以暑期支教和医路启蒙为核心的山山圆梦义工社，点绿义卖来宣传艾滋病同伴教育的艾滋病同伴教育协会，举办各类临终关怀志愿者活动的生命关怀志愿者协会……多达18个常规活动的公益类社团吸引着大批有奉献精神的同学们投入其中，在充实的课余生活中收获经验、体会成长。

为了扩大各社团展示自己风采的舞台，促进各社团之间的沟通与交流，医学院每学期会举办社团文化节，并通过社团文化节游园会、“社彩第医课”展示课、社团专场、桌面竞技比赛和文化节闭幕晚会等形式使同学们更好的参与活动、体验校园文化生活，进一步了解我院博采众长的社团文化。先后举办“再遇见”、“涉猎”第十五、第十六届社团文化节，通过“游园会”、社彩第一课、闭幕晚会的有机结合为社团提供多样舞台，让更多学生参与共筑校园风景线；协助举办“梦幻之夜”社团专场，为兰陵剧社、音乐剧社、交医舞协、相声协会等提供专属演出机会，呈现多元魅力校园；通过开设社团公开课、打造“交医女生周”，提升活动整体性，服务更广大的医学院。