在“985”建设经费的资助下，“上海交通大学医学科学研究院”于2007年立项。其建院方针是：以在科学发展观的统领下，调动一切可以调动的积极因素，建立以“拒绝平庸求卓越，摒弃浮躁求实效”为主要内容的核心竞争力，努力营造一种“团结、紧张、严肃、活泼”的学术研究氛围和创新人才培养环境; 面向国际前沿，面向国家需求，重点围绕肿瘤、免疫性疾病、代谢性疾病神经退行性疾病和心血管疾病等人类重大疾病的重要基础科学问题，重点建设病理和病理生理学、医学细胞分子生物学、免疫和病原生物学、发育生物学和化学生物学等五个学科群，造就若干在国内外具有一定影响和竞争优势的、由优秀学科带头人、青年骨干和真正的学术型教师组成的学科团队，为附属医院的科研工作产生辐射效应，为实现上海交通大学医学院又好又快的持续发展奠定坚实的基础。
    3月9日下午，以赵国屏院士为组长的专家组对该研究院的两年建设情况进行了验收。校党委副书记、医学院党委书记孙大麟和副校长林忠钦到会向专家组表示衷心的感谢。专家组认为通过项目组全体人员的共同努力下，“经过短短两年的建设，上海交通大学医学科学研究院创新了体制机制，凝练了学科发展方向，已经超额完成建设任务，正在建成一个‘人才凝聚、科研创新、成果转化’三位一体的研究机构，对医学院乃至整个学校的贡献已经初步显现”。
    医学科学研究院坚持科学发展观、坚持改革开放、坚持解放思想，切实进行了体制机制的创新，在基础医学院和医学科学研究院的统一领导下，建立起院长领导下的学科负责制和学科规划与领导下的课题组负责制。在队伍建设中，该项目以课题组长负责制（PI制）的形式组建医科院的人才队伍。通过海外的主动招募和院内的遴选，医科院已在五个学科建立起20个课题组。其学科带头人和课题组长均有在国外长期从事研究工作的经历，其中10人是近两年来从美国、德国等国著名大学中引进回国的优秀的研究人员。医科院还建立青年教师科研能力提升计划，通过公开选拔，公平竞争， 35名青年教师进入医科院，在各课题组长的指导和培养下，进行从科研思维到科研技能的全方位的培养。在医科院浓郁的科研氛围和良好的科研环境中，青年教师迅速成长，先后有14人获得国家级课题的资助， 2人入选上海启明星计划。同时，给研究生营造了良好的学习氛围和工作环境。在PI的精心指导下，毕业研究生的质量明显提高。3篇学位论文获上海市研究生优秀教学成果奖。
    在国内外学术合作中，医科院与附属医院的合作实现实质性启动， 如启动了与仁济医院合作的研究基金，向附属医院开放了研究生基本技能培训，与基础医学院联合举办“21创新论坛”，做报告的海外报告人有21名，其中包括国际相关领域权威人士如美国耶鲁大学S.Ghosh、法国国立健康医学研究院A.Benabid、瑞典卡罗琳斯卡研究院A.Zetterberg等。此外，开展了与海外院校的科研合作，与加拿大多伦多大学和澳大利亚悉尼大学分别进行了两次以上的互访，有针对性地初步建立了与对方的合作肿瘤研究项目。
    总之，通过两年的建设，推出课题组长负责制、PI遴选办法、青年教师科研能力提升计划、技术员岗位管理办法等一系列体制机制，保证了医科院的成功建立和运行,并切实改善了学术创新氛围。研究院的学术氛围得到不断提升，创新热情高涨，科研竞争力得到大大提升，在承担国家重大科研项目、国家自然基金项目和科研经费都实现跨越式增长。据了解，医学科学研究院两年内新增国家重大计划项目1项，国家自然科学基金重大计划1项、重点项目3项，863计划和973计划课题各 3项，国家自然科学基金40项，总经费达7079万元。在相关领域专业学术刊物发表SCI论文数累积110篇，平均影响因子大于3。
    经专家组成员讨论一致同意，上海交通大学“985工程”二期“上海交通大学医学科学研究院”建设项目通过项目验收。