上海交通大学医学院地处上海市中心繁华地区，是一所集医、教、研和社会服务为一体的研究型医学院。其前身上海第二医科学院由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1952年11月，在三校原有工会组织的基础上，协商成立上海第二医学院工会筹备委员会。次年1月，经上海市教育工会批准，成立中国教育工会上海第二医学院委员会。1954年6月，召开上海第二医学院第一次会员大会，大会选举出由杨士达任工会主席，张鸿德、赵君实任工会副主席的18人委员会。至1965年共召开了6次会员代表大会，产生了六届工会委员。工会在团结和教育三校教职员工，发挥主人翁精神，投身学院和社会主义新中国建设中发挥作用。

"文革"期间工会停止工作。1979年7月，学校恢复工会组织并召开第七次会员代表大会。1980年建立教职工代表大会制度，2月召开首届职代会第一次会议。1984年9月作为上海市教育工会试点单位实行党委领导下的教工代表大会制，第八次会员代表大会与第二届职代会联合召开。

1985年6月，上海第二医学院改名为上海第二医科大学，工会改名为"中国教育工会上海第二医科大学院委员会"。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，新的上海交通大学医学院成立，工会再次更名为"中国教育工会上海交通大学医学院委员会"。2012年3月，上海交通大学医学院八届教代会暨十三次工代会第一次会议召开，选举产生了第13届上海交通大学医学院工会委员会。

医学院工会在党委和上海市教育工会的领导下，坚持以邓小平理论、"三个代表"重要思想、科学发展观为指导，坚持全心全意为广大的教职工医护员工服务的宗旨，紧紧围绕医学院医、教、研中心工作，服务大局，服务基层、服务群众，认真履行工会组织的职责，努力为教职医护员工办实事，在维护教职工合法权益、促进学校民主管理，推动师德、师风和校园文化建设等方面展开富有成效的工作，是教职工的温馨之家。上海交通大学医学院工会曾先后荣获上海市总工会"模范职工之家"称号，中国教育工会上海市委员会"先进教工之家"（免检）单位称号。